出水口
鑑於水庫已因泥砂淤積而漸失灌溉給水功能，水庫防洪能力亦因滯洪空間受泥砂淤積而減少，將嚴重威脅水庫本身及下游岡山地區人民生命財產安全，為此本局乃辦理「阿公店水庫之更新改善計畫」。
一、水庫浚渫：水庫原設計洪水量為250年頻率洪峰流量（註1），更新改善前降為50年頻率洪峰流量，更新改善後之計畫洪水量為10,000年頻率洪峰流量。依民國80年實測之水庫容量，即使在空庫狀態亦無法滯留10,000年頻率洪水，所以唯有以浚渫方式增加水庫容量，才可能在10,000年頻率洪水下仍有安全保障。浚渫的另一效益是可增加水庫蓄水容量，提高非空庫期間灌溉、給水等標的用水的供應量，尤其在枯水季來臨前，配合越域引水提供的水量，可使水庫有較大的蓄水量，進而改善目前枯水季灌溉、給水等標的用水不足的現象。浚渫淤泥數量為1160萬立方公尺。
二、溢洪管改建：為了增加滯洪空間及減少汛期上游帶來的大量泥砂淤在水庫中，因此改變水庫之運轉操作方式，使汛期維持空庫不蓄水狀態，讓雨季攜砂濁流儘速過庫，並由豎井溢洪管排至阿公店溪減少泥砂淤積於水庫內。改建豎井溢洪管頂由標高35.5公尺，降低至標高27.00公尺，以發揮空庫排砂的最大效益。
三、灌溉管改建：依阿公店水庫安全評估及更新前現況調查發現，原有灌溉管已淤積近七成，後雖清除淤泥，然控制閘門因久未開啟已無法正常操作，且閘門系統因建造已久致使維修更換不易；另阿公店水庫更新工程完工後將採空庫防淤操作，灌溉管將配合作為輔助排砂使用。爰此，將原有復興渠取水系統予以改善，重建取水塔1座並配合更換高壓滑動閘門及其油壓操作系統，同時改建原有通達棧橋以利將來營運維修之用，灌溉管下游興建1座分水工，以滿足灌溉取水、自來水供給及輔助排砂等三項水庫未來操作目標。
四、越域排洪：由於阿公店水庫的計畫洪水量已更改為10,000年頻率洪峰，而豎井溢洪管的排洪量有限，阿公店溪的排洪量亦有限，所以必須將多餘的水量排放至其他流域，故在阿公店水庫的旺萊溪上游，建一側流堰，將水庫超額洪水排至鄰近的牛稠埔溪(係二仁溪支流)。同時，為了降低對二仁溪的影響，側流堰頂的設計以100年頻率洪峰時仍不溢流為原則，使越域排洪的機會降至1%以下。
五、越域引水：欲採空庫排砂，必須配合增闢補助水源措施。因為空庫排砂期間水庫不蓄水，該時期之灌溉與給水標的用水必無法從水庫得到供應；同時排砂期過後，雖已開始蓄水，但因汛期已過，可資利用之逕流明顯不足，空有水庫容量而無可蓄之水，使得枯水季水庫無法充份供應灌溉與給水標的用水。補助水源利用旗山溪豐沛之水量，利用「二仁灌溉計畫」前期工程已完成之旗山導水路，由圓潭子隧道出口，再增建一長約15公里的引水路，銜接旗山導水路與阿公店水庫，將旗山溪水流越域引水至阿公店水庫。越域引水除可於空庫排砂期間，川流式排砂及供給灌溉、給水等標的用水外，更可於汛期過後注滿水庫，以供翌年一期稻作及公共用水之所需。
六、壩體改善：根據阿公店水庫歷次安全評估與檢查及更新工程之調查成果，大壩壩體部份輾壓不實、壩體下游坡面土流失，造成壩頂道路裂縫、0K＋738壩趾下游側出現湧砂疑有壩基鬆弛之可能性。進行覆土輾壓保護及水庫下游側趾部排水設置，初步改善可能因滲漏湧砂影響壩體之安全。配合壩體改善工程，整理大壩現有下游坡面截排水溝系統及進行壩頂道路相關改善工程，並施作左副壩段壩基礎部份之覆土輾壓及保護工程。另因應未來水庫營運需求，於現有阿公店水庫管理中心附近增設1座浮動碼頭，以作為溢洪管維修平台及巡邏船隻停放。本工程內容共包括壩頂更新改善工程、大壩上游邊坡覆土保護工程、大壩下游趾部排水新建工程、大壩下游坡面修建混凝土洩水溝工程、浮動碼頭新建工程等。
